11種腫瘤類(lèi)型癌變過(guò)程中的表觀(guān)遺傳調控，PCR-Clean助力科研

核酸相關(guān)研究需要對環(huán)境中的核酸污染進(jìn)行控制，以確保實(shí)驗結果的穩定和實(shí)驗數據的準確。德國MB公司的核酸污染祛除試劑——PCR Clean，即用型核酸污染清除試劑，高效清除DNA、RNA及核酸酶的干擾。

染色質(zhì)去濃縮，以及與隨后的轉錄機制結合的時(shí)空動(dòng)力學(xué)，在癌癥的發(fā)病轉變(如起始、進(jìn)展和轉移)中具有重要但尚未了解的作用。

表觀(guān)遺傳調控影響基因表達、譜系測定、細胞-細胞相互作用和治療耐藥性。與體細胞突變等遺傳驅動(dòng)因素相比，表觀(guān)遺傳驅動(dòng)因素的定義不太明確。然而，它們可能通過(guò)富集類(lèi)型的分析來(lái)識別，類(lèi)似于發(fā)現驅動(dòng)基因的方式。了解它們與遺傳和環(huán)境因素的相互作用也至關(guān)重要。最近證實(shí)了KRAS突變和胰腺上皮組織損傷之間的相互作用，這種相互作用重塑了染色質(zhì)，產(chǎn)生了有利于癌癥的轉錄活性。

科研人員認為表觀(guān)遺傳驅動(dòng)因素是與癌癥發(fā)生、進(jìn)展和轉移相關(guān)的調控元件或轉錄因子(tf)的活性，通常通過(guò)與遺傳驅動(dòng)因素的相互作用。有可能這種表觀(guān)遺傳驅動(dòng)可以解釋以前未知的致瘤機制。

轉座酶可及染色質(zhì)測序(ATAC-seq)是一種快速、靈敏的表觀(guān)基因組分析方法。先前的研究已經(jīng)獲得了一些癌癥的ATAC-seq結果，其總體水平是腫瘤內不同細胞類(lèi)型的平均值。

最近單核ATAC-seq (snATAC-seq)的發(fā)展為檢查單細胞表觀(guān)基因組提供了更大的分辨率。將snATAC-seq與單核RNA測序(snRNA-seq)結合，可以同時(shí)分析同一細胞的表觀(guān)基因組和轉錄組，從而直接分析染色質(zhì)可及性和基因轉錄之間的關(guān)系。我們構建了從200多例患者中獲得的11種主要癌癥類(lèi)型的綜合多基因組圖譜。大量的樣本和相當多的癌癥類(lèi)型和狀態(tài)(例如，正常、原發(fā)性和轉移性)的代表性為研究癌癥的表觀(guān)遺傳驅動(dòng)因素提供了良好的動(dòng)力隊列。

科研人員提供了譜系特異性和癌癥特異性細胞群的統一圖譜，差異可及的增強子和啟動(dòng)子，表觀(guān)遺傳調節的癌癥相關(guān)基因和在主要癌癥轉變中重要的tf。盡管其中一些驅動(dòng)因素和轉錄程序與多種癌癥類(lèi)型的轉變有關(guān)，但其他一些則表現出高度的癌癥類(lèi)型特異性。

研究發(fā)現，在相同的途徑中，表觀(guān)遺傳變化和基因突變之間的相關(guān)性在各種癌癥類(lèi)型中都存在，這表明在癌癥過(guò)渡程序中存在許多合作的實(shí)例。這項研究強調了tf作為預后標志物的潛力，提供了對驅動(dòng)癌癥進(jìn)化的分子基礎的更深入的理解。