質(zhì)粒與腸道微生物研究新進(jìn)展，PCR Clean助力清除核酸污染

治理相關(guān)研究涉及到很多分子生物學(xué)實(shí)驗，此類(lèi)實(shí)驗對于環(huán)境中雜質(zhì)DNA的含量有比較高的要求。潔凈、無(wú)雜質(zhì)核酸污染的實(shí)驗室，試驗成功率更高。德國MB公司生產(chǎn)的PCR Clean，能高效清除實(shí)驗環(huán)境中的雜質(zhì)核酸污染，有助于提升分子實(shí)驗的穩定性。

人體腸道中包含非常多的微生物，這些微生物為包括質(zhì)粒在內的可移動(dòng)遺傳元件的接觸轉移提供了一個(gè)便利條件。質(zhì)粒通常被定義為從宿主染色體上自主復制的染色體外元件。除了作為分子生物學(xué)的主力外，質(zhì)粒通過(guò)提供諸如抗生素抗性、重金屬抗性、毒力因子或代謝功能等特性，加速微生物進(jìn)化和增強宿主適應性的能力已被廣泛研究。

質(zhì)粒一直是微生物學(xué)的一個(gè)主要焦點(diǎn)，不僅因為它們在分子生物學(xué)中的生物技術(shù)應用，而且因為它們在抗生素耐藥性基因的進(jìn)化和傳播中的作用，這是一個(gè)日益增長(cháng)的全球公共衛生問(wèn)題。然而，存在著(zhù)一組質(zhì)粒，似乎沒(méi)有人們感興趣的遺傳功能，并且不包含編碼對其宿主明顯有益功能的基因。這種“隱質(zhì)粒"通常很小且多拷貝，通常難以研究，因為它們缺乏任何可測量的表型或可選擇的標記。但這類(lèi)質(zhì)粒存在于廣泛的微生物分類(lèi)中，并且分布在許多不同的環(huán)境中。

隱質(zhì)粒的分析通常是在單一培養的細菌上進(jìn)行的，這限制了對自然發(fā)生的微生物棲息地中其生態(tài)的了解。然而，宏基因組學(xué)和全新質(zhì)粒預測算法的新進(jìn)展，為彌合這一差距提供了強有力的手段。

例如，在近期的一項研究中，科研人員對來(lái)自人類(lèi)腸道的68,000多個(gè)質(zhì)粒進(jìn)行了表征，并觀(guān)察到在地理不同人群數據集中普遍的參考質(zhì)粒之一，是一種名為pBI143.44的隱質(zhì)粒?？蒲腥藛T通過(guò)組學(xué)和實(shí)驗方法對這種隱質(zhì)粒進(jìn)行了深入的表征，以研究其遺傳多樣性，宿主范圍，傳播途徑，對細菌宿主的影響，以及與人類(lèi)健康和疾病狀態(tài)的關(guān)系。

相關(guān)研究發(fā)表在《Cell》上，文章標題為：“A cryptic plasmid is among the most numerous genetic elements in the human gut"。

該研究結果揭示了pBI143在人類(lèi)腸道中的作用，其拷貝數至少比人類(lèi)腸道中豐富的噬菌體之一——噬菌體crAssphage平均高出14倍。該項研究還證明了pBI143作為一種具有成本效益的生物標志物的潛力，可以評估微生物在人體腸道中所經(jīng)歷的壓力程度，并作為一種量化環(huán)境樣本中人類(lèi)糞便污染水平的敏感手段。