單細胞RNA測序中支原體污染的危害與防控

在現代生物學(xué)和醫學(xué)研究中，單細胞RNA測序（scRNA-seq）已成為一種強大的工具，用于揭示細胞間的基因表達差異和細胞功能的復雜性。然而，在單細胞RNA測序的實(shí)驗過(guò)程中，支原體污染是一個(gè)不可忽視的問(wèn)題。

一、支原體污染對單細胞RNA測序的影響

支原體是一類(lèi)無(wú)細胞壁的原核生物，能在體外培養條件下生長(cháng)繁殖，并可能污染細胞培養物。在單細胞RNA測序中，支原體污染可能帶來(lái)以下影響：

數據質(zhì)量下降：支原體污染可能導致細胞樣本中RNA的降解和污染，進(jìn)而影響測序數據的質(zhì)量和可靠性。這種污染可能導致基因表達水平的異常波動(dòng)，使得研究人員難以準確解析細胞間的基因表達差異。

結果解讀困難：支原體的基因組較小，但編碼的基因數量較多，且其基因表達可能與宿主細胞存在一定的相似性。因此，支原體污染可能導致測序結果中出現一些難以解釋的基因表達信號，給結果的解讀帶來(lái)困難。

實(shí)驗失?。涸趪乐匚廴镜那闆r下，支原體可能大量繁殖并導致細胞培養物的死亡，從而導致實(shí)驗失敗。

二、避免支原體污染的重要性

鑒于支原體污染對單細胞RNA測序的潛在影響，避免污染對于確保實(shí)驗成功和數據質(zhì)量至關(guān)重要。以下是避免支原體污染的重要性：

提高數據可靠性：避免支原體污染可以確保測序數據的質(zhì)量和可靠性，從而更準確地揭示細胞間的基因表達差異和細胞功能的復雜性。

降低實(shí)驗成本：避免污染可以減少因實(shí)驗失敗而導致的重復實(shí)驗和資源浪費，從而降低實(shí)驗成本。

加速研究進(jìn)展：通過(guò)避免污染，研究人員可以更快地獲得可靠的數據，加速研究進(jìn)展，為生物醫學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展做出更大的貢獻。

三、支原體污染的防控措施

為了避免支原體污染對單細胞RNA測序的影響，需要采取一系列防控措施：

嚴格篩選細胞來(lái)源：在獲取細胞樣本時(shí)，應確保細胞來(lái)源的可靠性和清潔度，避免使用可能存在支原體污染的細胞株或組織。

定期檢測細胞培養物：在細胞培養過(guò)程中，應定期對培養物進(jìn)行支原體檢測，及時(shí)發(fā)現并處理污染問(wèn)題。常用的檢測方法包括DNA熒光染色法、PCR法和培養法等。

嚴格遵循無(wú)菌操作規范：在細胞培養和單細胞RNA測序實(shí)驗過(guò)程中，應嚴格遵循無(wú)菌操作規范，避免交叉污染和實(shí)驗室內部污染。

使用支原體清除劑：在發(fā)現支原體污染時(shí)，可以使用支原體清除劑進(jìn)行處理。這些清除劑能夠選擇性地殺死支原體而不影響宿主細胞的生長(cháng)和活力。

加強實(shí)驗室管理：加強實(shí)驗室管理是預防支原體污染的重要手段。應定期對實(shí)驗室進(jìn)行清潔和消毒處理，并對實(shí)驗室內的設備和試劑進(jìn)行定期檢查和更新。使用實(shí)驗室環(huán)境專(zhuān)用的支原體祛除試劑——Mycoplasma Off，即用型噴霧，高效清除實(shí)驗環(huán)境中的支原體污染。