研究人員開(kāi)發(fā)了用于病毒發(fā)現的序列分析管道

赫爾辛基大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)了一種新型的生物信息學(xué)管道，稱(chēng)為L(cháng)azypipe，用于識別宿主相關(guān)或環(huán)境樣品中的病毒。該管道是在病毒學(xué)家和生物信息學(xué)家之間密切合??作下開(kāi)發(fā)的。研究人員認為，他們已經(jīng)成功解決了病毒宏基因組學(xué)通常遇到的許多挑戰。

 

此前，由Olli Vapalahti教授領(lǐng)導的病毒人畜共患病研究小組發(fā)表了兩個(gè)實(shí)例，這些實(shí)例是由Lazypipe從野生動(dòng)物中鑒定出的新型和潛在的人畜共患性病毒制劑，可以用作載體。從肯尼亞的Mops condylurus蝙蝠的糞便和器官樣本中鑒定出一種新的埃博拉病毒，并從東北部的tick中鑒定出一種新的由tick傳播的病原體沿山病毒。

Teemu Smura博士說(shuō)：“這些例子證明了Lazypipe數據分析對具有非常不同的DNA / RNA背景的NGS文庫的有效性，涉及從哺乳動(dòng)物組織到合并和壓碎的節肢動(dòng)物。

當前的冠狀病毒大流行增加了以無(wú)偏見(jiàn)的方式快速檢測以前未知的病毒的需求。

Ravi Kant博士說(shuō)：“在沒(méi)有參考基因組的情況下檢測到SARS-CoV-2，證明了Lazypipe在新型人畜共患病毒制劑出現的情況下的效用，并且可以通過(guò)NGS測序從臨床樣品中快速檢測出。”

4月初，研究小組使用Lazypipe測試了SARS-CoV-2陽(yáng)性樣本的文庫。

Ilja Pljusnin博士說(shuō)：“我們確認，該管道在默認設置下且沒(méi)有SARS-CoV-2參考基因組的10個(gè)庫中，有9個(gè)檢測到SARS-CoV-2 。”

Assoc補充說(shuō)：“懶惰管可能在預測新興傳染病中起關(guān)鍵作用。” Tarja Sironen教授。

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來(lái)源：生物探索

 

qPCR法介紹：

熒光定量PCR法（qPCR）：是在常規PCR基礎上，將『針對支原體特異性保守序列的探針』做熒光標記，使PCR擴增后的產(chǎn)物帶有熒光，利用熒光信號的變化和配套軟件，進(jìn)行DNA擴增反應的實(shí)時(shí)監測，簡(jiǎn)稱(chēng)qPCR。

優(yōu)點(diǎn)：①靈敏度高、特異性強。

②時(shí)間短，2-3小時(shí)出結果。

③檢測結果可定量。

④操作簡(jiǎn)便。

缺點(diǎn)：①對于已做支原體滅活處理的樣品，由于支原體DNA仍舊存在其中，PCR結果會(huì )出現假陽(yáng)性。（可用培養法做補充驗證）

②不同廠(chǎng)家生產(chǎn)的試劑盒質(zhì)量