單細胞RNA測序來(lái)生成預測性細胞類(lèi)型特異性分裂，PCR-Clean助力科研

細胞類(lèi)型特異性工具有助于識別和功能表征不同的細胞類(lèi)型，形成復雜的神經(jīng)元回路。果蠅現有的大量遺傳工具依賴(lài)于增強子活性來(lái)標記不同的細胞亞群，并且在分析成人的功能回路方面非常有用。

德國MB公司的PCR Clean，清除分子實(shí)驗過(guò)程中的DNA、RNA、DNA酶、RNA酶污染。

然而，這些基于增強子的GAL4系通常不能反映附近基因的表達，因為它們只代表了全部基因調控元件的一小部分。雖然諸如分裂- gal4系統等基因交叉技術(shù)進(jìn)一步提高了細胞類(lèi)型特異性，但它需要大量的時(shí)間和資源來(lái)通過(guò)增強子表達模式的組合進(jìn)行篩選。

近日，研究人員使用現有的發(fā)育單細胞RNA測序(scRNAseq)數據集來(lái)選擇分裂- gal4的基因對，并提供一個(gè)高效和預測的管道(scMarco)來(lái)生成細胞類(lèi)型特異性的分裂- gal4系，在任何時(shí)候在發(fā)育過(guò)程中，基于天然基因調控元件。這些基因特異性的分裂- gal4系可以從大量編碼內含子MiMIC/CRIMIC系或CRISPR敲入中產(chǎn)生。我們使用發(fā)育中的果蠅視覺(jué)系統作為模型來(lái)證明scRNAseq引導的基因特異性分裂- gal4系在靶向已知細胞類(lèi)型、注釋scRNAseq數據集中的簇以及識別新細胞類(lèi)型方面的高預測能力。

最后，基因特異性分裂- gal4系廣泛適用于任何其他果蠅組織。研究人員的工作為生成細胞類(lèi)型特異性工具開(kāi)辟了新的途徑，用于在整個(gè)發(fā)育過(guò)程中靶向操縱不同的細胞類(lèi)型，并為果蠅社區提供了寶貴的資源。