蛋白組學(xué)分析揭示了蛋白質(zhì)調控的共同模式，PCR-Clean助力分子生物學(xué)研究

分子生物學(xué)是許多基因組學(xué)研究的基礎。核酸是分子生物學(xué)的核心研究對象之一。在核酸相關(guān)的實(shí)驗中，需要盡可能減少DNA污染。德國MB公司的PCR-Clean，高效清除核酸污染。

基于系統基因組學(xué)的腫瘤研究改變了我們對腫瘤生物學(xué)的理解，并顯著(zhù)影響了患者的護理然而，許多癌癥仍然缺乏有效的治療方法或仍然缺乏特征，強調其復雜的生物學(xué)及其分子和表型異質(zhì)性樣品處理和液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)的最新進(jìn)展使大規模定量蛋白質(zhì)水平和翻譯后修飾(PTMs)成為可能。

臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)的共同努力已經(jīng)產(chǎn)生了單個(gè)癌癥類(lèi)型的大型蛋白質(zhì)基因組數據集。這些研究都包括PTMs，并開(kāi)始彌合分子特征和表型后果之間的差距，發(fā)現具有潛在治療脆弱性的新癌癥亞型盡管取得了這些進(jìn)展，并且PTMs在細胞信號的調節和微調中發(fā)揮了關(guān)鍵作用，但它們的共享模式、PTMs之間的串擾(例如，磷酸化、乙?；?span>)以及多個(gè)PTMs如何形成調節網(wǎng)絡(luò )仍然知之甚少，特別是在癌癥類(lèi)型中。

先前的泛癌癥基因組研究表明，研究不同癌癥類(lèi)型的復發(fā)性基因和通路改變可以促進(jìn)我們對驅動(dòng)癌癥的基本分子事件的理解。

研究人員著(zhù)手確定不同癌癥類(lèi)型的共享和不同的PTM模式，以研究在多種癌癥中改變的常見(jiàn)翻譯后調節機制，以擴展和補充基因組研究。為此，科研人員使用來(lái)自11項研究的數據生成了一個(gè)統一的泛癌癥隊列，包括來(lái)自1,110名未接受治療的患者的樣本，具有完整的基因組，轉錄組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)和PTM(磷酸化和乙?；?span>)數據。這使得科學(xué)家們能夠搜索由于個(gè)體研究樣本量有限(39-140例患者)而無(wú)法在單個(gè)隊列中識別的模式。

為了關(guān)注癌癥的共享和組織獨立模式，作為協(xié)調過(guò)程的一部分，研究人員回歸了每種數據類(lèi)型中的組織特異性效應(STAR方法)。

研究分析重點(diǎn)是:

(1)已知在癌癥中失調的標志通路，這些通路受到PTMs的嚴格控制，包括DNA損傷和修復通路、細胞免疫代謝和組蛋白水平的基因表達調節;

(2)不同類(lèi)型ptm之間的電位串擾。ptm具有一系列潛在的調節作用——從快速、持續到長(cháng)期。在免疫和代謝反應中，PTMs的短暫性和可逆性使得適應微環(huán)境變化所需的快速反應成為可能。

另一方面，PTM對組蛋白修飾的影響可以影響細胞程序的長(cháng)期調節;事實(shí)上，在癌癥中，異常的組蛋白乙?；梢允鼓[瘤抑制因子失活或激活癌基因。在DNA修復過(guò)程中，磷酸化在調節DNA修復蛋白的活性中起著(zhù)關(guān)鍵作用，以ptm為重點(diǎn)的分析可能更好地表征DNA修復的圖景，特別是在DNA修復缺陷的癌癥中。最后，絲氨酸/蘇氨酸磷酸化和賴(lài)氨酸乙?；钦婧松镏袕V泛和最保守的PTMs。盡管迄今為止大多數研究都集中在單一PTM類(lèi)型如何調節細胞過(guò)程上，但對蛋白質(zhì)含有多種PTM類(lèi)型的認識表明，它們可能共同作用，共同表現出復雜的調節作用，其中許多仍未被探索。

總的來(lái)說(shuō)，這是一個(gè)詳細描述乙?；土姿峄膹V泛調控及其在癌癥類(lèi)型中的共享模式的泛癌癥研究。研究結果為探索和產(chǎn)生關(guān)于ptm控制的癌癥過(guò)程的假設提供了豐富的資源，這些假設在進(jìn)一步的實(shí)驗驗證后，可能會(huì )確定新的藥物靶點(diǎn)或提出影響癌癥生物學(xué)的新方法。