PCR Clean科研實(shí)驗數據

PCR Clean™是一款即用型工作液，用于去除PCR工作臺、實(shí)驗室機電產(chǎn)品和設備表面上留存的核酸。該工作液包含一種表面活性劑和一種非堿性非致癌性試劑。在這項研究中，我們針對不同的表面上留存的不同類(lèi)型的核酸，檢查了PCR Clean™的使用效果和效率，并和其他的幾種去除劑進(jìn)行了比較。

實(shí)驗過(guò)程

1、去除不同表面上的DNA擴增片段

我們用大腸桿菌O104和O157的DNA擴增片段，檢查了PCR Clean™對DNA污染的去除效率，并和其他幾種去除試劑進(jìn)行了比較。我們在塑料薄膜、玻璃表面和千思板（常用于實(shí)驗工作區臺面，Trespa®品牌）滴加了2μl（0.2 ng）大腸桿菌O104 DNA，在Plexiglas®（樹(shù)脂玻璃）和鋁表面滴加了2μl（0.2ng）大腸桿菌O157 DNA。待DNA*風(fēng)干后，用蘸有PCR Clean™或一種稀釋的洗潔精、70%乙醇、異丙醇、水的紙巾擦拭去除，或者用干紙巾擦拭去除。隨后用一個(gè)干凈潮濕的拭子在該區域表面涂拭取樣。另取0.05 ng大腸桿菌O104 DNA或0.2 ng大腸桿菌O104 DNA作為陽(yáng)性對照，加入250l PCR級別水溶解，其抽提方式和其他樣品一樣。

2、去除鋁表面的基因組DNA和質(zhì)粒DNA

在鋁表面滴加2μl（2X10⁶拷貝數）大腸桿菌基因組DNA或質(zhì)粒DNA測試。PCR Clean™與蘸水的濕紙巾或干紙巾對照。

3、去除Plexiglas®（樹(shù)脂玻璃）表面上的RNA

在Plexiglas®表面6個(gè)點(diǎn)分別滴加5g（11μl）RNA進(jìn)行測試。取樣后的RNA作逆轉錄和qPCR。

4、DNA抽提和qPCR擴增

拭子上的DNA采用SwabUp™ Lab Monitoring試劑盒進(jìn)行抽提。所有收集的樣本DNA和陽(yáng)性對照抽提的方式相同。隨后進(jìn)行qPCR。

檢驗結果

1、去除不同表面的DNA擴增片段

結果顯示，和其他幾種清除劑相比，PCR Clean™的對擴增的DNA段去除的更多（見(jiàn)表1），效果jia（見(jiàn)圖1），Ct值更高。

表1：與其他清除劑相比，使用PCR Clean™后，qPCR測定的細菌DNA擴增片段的Ct值

圖1：采用不同的清除劑，對 A.樹(shù)脂玻璃®、B.鋁、C.千思板®、D.玻璃和E.塑料薄膜上的大腸桿菌DNA擴增片段去除后，qPCR的擴增曲線(xiàn)

2、去除鋁表面的基因組DNA和質(zhì)粒DNA

結果顯示，與水和干紙巾相比，含PCR Clean™的濕巾對基因組DNA和質(zhì)粒DNA有更多的去除（見(jiàn)表2）。Ct值（圖2,A，B）更高，提示DNA量有大幅下降。

表2：與水和干紙巾相比，使用PCR Clean™后，qPCR測定的鋁表面基因組DNA或質(zhì)粒DNA的Ct值

圖2：采用PCR Clean™、水或干紙巾去除鋁表面的大腸桿菌基因組DNA或大腸桿菌質(zhì)粒DNA后的qPCR擴增曲線(xiàn)

3、去除Plexiglas®（樹(shù)脂玻璃）表面的RNA

和其他幾種清除劑相比，PCR Clean™對Plexiglas®表面的RNA去除多（見(jiàn)表3），Ct值也gao（見(jiàn)圖3）

表3：和其他幾種清除劑相比，PCR Clean™去除樹(shù)脂玻璃表面的RNA后，RNA逆轉錄合成cDNA, 再qPCR測定Ct值

圖3：使用不同的清除劑，從樹(shù)脂玻璃®中去除RNA后，RNA再逆轉錄并進(jìn)行qPCR擴增

結論

我們研究的結果顯示，PCR Clean™對來(lái)自所有檢測表面的DNA擴增片段，質(zhì)粒、基因組DNA和RNA污染的去除，是極為有效的，而且起效很快。去除結果還顯示，相比于其他常見(jiàn)的DNA清除劑，比如分子生物學(xué)實(shí)驗室常用的乙醇、異丙醇或洗潔精，PCR Clean™的去除效果和效率都具有明顯的優(yōu)勢。因此，在PCR反應前后，經(jīng)常使用PCR Clean™，會(huì )非常便捷，可理想地保持干凈的工作區域，而這對于分子生物學(xué)實(shí)驗室和PCR工作臺都是非常重要的，因為它可節省時(shí)間和支出。