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發(fā)表在Science Advances上的一項新研究中，來(lái)自瑞典林雪平大學(xué)的研究團隊表明，一種令人費解的細菌中常見(jiàn)DNA修飾在人類(lèi)或其他哺乳動(dòng)物中并不存在。該研究表明，動(dòng)物中表觀(guān)遺傳標記6mdA的檢測可能是所用技術(shù)的局限性和樣品的細菌污染造成的。
幾年前，一些相關(guān)研究的發(fā)表，引起了遺傳學(xué)研究者的興趣。這些研究檢查了一個(gè)特殊的表觀(guān)遺傳標記，即影響DNA序列在不同細胞中使用方式的DNA修飾。這個(gè)標記以前從未在多細胞生物中觀(guān)察到。相比之下，這種被稱(chēng)為“6mdA”的標記在細菌中較為常見(jiàn)，它在保護細菌免受病毒侵害方面發(fā)揮著(zhù)重要作用。
許多研究團隊的報告稱(chēng)，他們在多種動(dòng)物物種甚至人類(lèi)細胞中發(fā)現了6mdA，這不僅引起了研究界的興趣，也引發(fā)了一些問(wèn)題。其中一個(gè)與檢測到的6mdA水平有關(guān)，這個(gè)水平非常低，以至于科學(xué)家們懷疑這樣一個(gè)罕見(jiàn)的表觀(guān)遺傳信號是否真的有作用。
在這些初步報告之后，一些其他已發(fā)表的研究無(wú)法在動(dòng)物中檢測到6mdA。正如許多其他研究團隊一樣，林雪平大學(xué)生物醫學(xué)和臨床科學(xué)系研究員Colm Nestor博士團隊也開(kāi)始研究這種令人費解的表觀(guān)遺傳信號。然而，他們無(wú)法在人體或小鼠細胞中檢測到。終，他們在兩個(gè)人體細胞樣本中檢測到了6mdA，但結果發(fā)現兩個(gè)樣本都被支原體細菌污染。
研究人員懷疑表觀(guān)遺傳標記來(lái)自細菌而不是人體細胞。他們用抗支原體的抗生素治療細胞后，發(fā)現6mdA信號消失。
研究人員認為，支原體污染是表觀(guān)遺傳學(xué)研究中被低估的問(wèn)題。他們發(fā)現的支原體菌株在健康人群中很常見(jiàn)，通常不會(huì )對健康造成任何負面影響。由于支原體細菌不僅可以存在于細胞外，也可以存在于人體細胞內，因此該細菌可能存在于人類(lèi)樣品中，但未被檢測到。對于大多數類(lèi)型的細菌，研究人員可以很容易地檢測出實(shí)驗室培養的細胞是否受到污染。然而，支原體污染的情況并非如此，它需要特殊的檢測方法。
研究人員很快發(fā)現，不僅支原體細菌給研究6mdA標記的研究人員帶來(lái)了問(wèn)題。他們還發(fā)現了檢測這種表觀(guān)遺傳修飾的幾種方法的問(wèn)題。
研究通訊作者Nestor說(shuō)：“我們意識到，這些技術(shù)檢測到的6mdA‘信號’只是噪音。然而，由于一些復雜的技術(shù)問(wèn)題，其中一些方法中的背景噪聲不是隨機的，而是一個(gè)真實(shí)的信號?，F在，我們可以毫無(wú)疑問(wèn)地說(shuō)，哺乳動(dòng)物中不存在6mdA。”
Nestor認為，哺乳動(dòng)物中6mdA的研究報告來(lái)自于在學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表的執行良好的研究。這是非常不尋常的，作為*不同的人工制品，有幾種方法給出了類(lèi)似的誤導性結果。
Nestor說(shuō)“當我們分析非常罕見(jiàn)的現象時(shí)，我們必須要非常小心，并考慮我們是否真的可以用我們選擇的方法來(lái)測量它們。關(guān)于6mdA，如果研究人員停止研究一些根本不存在的東西，那就可以節省很多寶貴的時(shí)間和金錢(qián)，避免更多的失望。”
支原體污染對于細胞培養也是毀滅性的災害，那我們該如何檢測和祛除支原體呢？
qPCR法介紹：
熒光定量PCR法（qPCR）：是在常規PCR基礎上，將『針對支原體特異性保守序列的探針』做熒光標記，使PCR擴增后的產(chǎn)物帶有熒光，利用熒光信號的變化和配套軟件，進(jìn)行DNA擴增反應的實(shí)時(shí)監測，簡(jiǎn)稱(chēng)qPCR。
優(yōu)點(diǎn)：①靈敏度高、特異性強。
②時(shí)間短，2-3小時(shí)出結果。
③檢測結果可定量。
④操作簡(jiǎn)便。
缺點(diǎn)：①對于已做支原體滅活處理的樣品，由于支原體DNA仍舊存在其中，PCR結果會(huì )出現假陽(yáng)性。（可用培養法做補充驗證）
②不同廠(chǎng)家生產(chǎn)的試劑盒質(zhì)量差異巨大（由于引物及內在設計不同），需謹慎選擇，盡量在專(zhuān)業(yè)人員推薦指導下使用。
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